ICG:实时定量PCR内参基因知识库,请收藏！

作者：ICG   发布时间：2020-07-18

    2019年国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表北京基因组所生命与健康大数据中心题为“ICG: a wiki-driven knowledgebase of internal control genes for RT-qPCR normalization”研究论文。开发了国际上首个实时定量PCR内参基因知识库——ICG（http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page），对经生物学实验手段鉴定出的内参基因及其应用场景实现了有效的挖掘、整合及注释。

    实时定量PCR是一种能够对目标基因的表达量进行准确定量分析的实验技术，并已广泛地应用于分子生物学的研究当中。然而，内参基因直接关系到结果的准确性和精确性，因此在筛选出合理的内参基因是有效地应用实时定量PCR技术的先决条件。
    

    图1. 2004年——2016年间被PubMed数据库收录的内参基因筛选相关论文数量累加图

    在常规分子生物学研究中，选择内参基因本身是一项繁琐的工作，因此，对现有报道的海量文献中的内参基因资源及其对应的应用场景实现有效地挖掘及整合具有十分重要的意义。

    该数据库目前收录了209个物种的内参基因，共涉及73种动物，115种植物，12种真菌及9种细菌。该知识库不仅提供了丰富的实时定量PCR内参基因信息，如引物序列、扩增长度、推荐的应用场景、退火温度、荧光染料，及该内参基因在相关论文中的引用情况等，以帮助分子生物学家们针对其各自的实验目的来定制出合理的标准化分析策略。

    ICG不仅为蛋白质编码基因的表达模式研究提供实时定量PCR技术的标准化分析方案，也关注于非编码RNA（如miRNA和circular RNA）的表达分析研究。
    

    图2. ICG知识库中最新更新的物种信息

    ICG最终的目标是构建出一部详尽地记录模式生物及非模式生物中实时定量PCR内参基因及其相关信息的百科全书。
    

    图3. ICG知识库物种页面示意图，以大豆为例

    该研究得到了中国科学院战略性先导科技专项、中国科学院国际大科学计划、国家科技攻关计划、国家863项目、国家自然基金项目、中国科学院百人计划等项目基金的资助。