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常见问题

DSS抑制PCR反应导致PCR失败或数据失真

作者:欧易生物   发布时间:2020-07-01

    引 言:炎症性肠病(Inflammatory Bowel Disease, 简称IBD)是一组特定的肠道慢性疾病的统称,主要包括克罗恩病和溃疡性结肠炎两种。IBD的特征是慢性和复发性胃肠道炎症,其可增加患结肠炎相关癌症的风险。

    化学致炎剂DSS 是一种人工合成的硫酸盐多糖,小鼠经饲喂含有DSS 的饮水可以形成炎症性肠病模型( 简称DSS 模型)。其病理改变接近人类溃疡性结肠炎(UC),往往出现以血便、肠道黏膜溃疡和粒细胞浸润为特征的结肠炎症。

    DSS模型构建相对简单且经济,广泛用于筛选治疗炎症性肠病(IBD)的新方法和临床前新药物的开发,也用于研究IBD的发病机制,在生物学研究中被广泛使用。

    DSS知多少?

    DSS(Dextran sulfate sodium),中文名:硫酸葡聚糖钠

    产品名称:硫酸葡聚糖钠

    别名:葡聚糖硫酸酯钠,DSS,右旋糖酐硫酸酯钠,葡聚糖硫酸钠盐

    英文名称:Dextran sulfate sodium

    CAS No.:9011-18-1

    结构:

    结构

    但DSS抑制PCR反应的现象已被广泛关注,有多篇文献报道过。如果不对样本做额外的处理,可能导致PCR失败或数据失真,导致得出错误的结论。

    DSS造成的影响?

    1、DSS处理并不会导致组织样本DNA和RNA完整性改变。

    DSS造成的影响

    2、DSS处理对PCR扩增造成了严重的抑制。DSS处理组的样本PCR扩增没有特异条带。

    DSS造成的影响

    另外,肠道微生态的改变也是很多老师利用DSS模型研究的内容之一。DSS处理的样本对16srDNA的扩增也有很大的影响。

   DSS造成的影响

    降低DSS影响的办法

    DSS模型样本需要经过怎样的处理才能降低PCR的抑制呢?

    1、RNA层面 用LiCl对抽提好的RNA进行纯化

    经过LiCl处理的RNA样本能特异性的扩增出目的产物。

    扩增出目的产物

    2、DNA层面

    研究表明,带有高价阳性电荷的精胺能有效中和阴性电荷的DSS分子,通过添加一定量的精胺能有效抑制DSS对PCR扩增的影响。

    DSS对PCR扩增的影响

    DSS浓度和精胺浓度都会对后期的PCR反应造成不同程度的影响,需要对样本处理条件做一定的优化。

    经过多轮测试,针对DSS处理的粪便样品研发出独特的纯化方案,PCR成功率得到极大提升。

    DSS处理样品未纯化

    图1 | DSS处理样品未纯化

    DSS处理样品纯化后

    图2 | DSS处理样品纯化后

    参考文献:

    1. Thouvenot, Pierre at el. Have you tried spermine? A rapid and cost-effective method to eliminate dextran sodium sulfate inhibition of PCR and RT-PCR. JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS, Volume 144, Number 1, 2018, pp. 29-32(4)

    2.Emilie Viennois at el. Dextran sodium sulfate inhibits the activities of both polymerase and reverse transcriptase: lithium chloride purification, a rapid and efficient technique to purify RNA.BMC Research Notes 2013, 6:360

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